Jedná se o ošetření kořenového systému zubu například z důvodu zánětu zubní dřeně, infikovaných kořenových kanálků nebo při úrazech. Stomatolog zbaví dřeňovou dutinu a kořenové kanálky jejich obsahu, zub vydezinfikuje a natěsno vyplní. Účelem tohoto ošetření je zachování zubu a obnova jeho funkce. Ošetření kořenových kanálků provádíme pomocí Mikroskopunebo jiné zvětšovací techniky.

Mikroskop má zásadní význam při práci s kořenovými kanálky jelikož vnitřní prostor zubu je pouhým okem těžko rozpoznatelný a úspěšnost ošetření bez optické zvětšovací techniky je pouze okolo 80%. Mikroskop nám dává možnost dokonalého přehledu o prostředí, které ošetřujeme, a jistotu kvalitního ošetření i tak malých míst, jakými jsou kořenové kanálky.